Les vacuoles sont des cavités incolores en forme de vessie dans le cytoplasme ou le noyau de la cellule et contiennent des matières accumulées (déchets). Les vacuoles sont le signe d'une activité métabolique ou phagocytaire accrue et sont souvent accompagnées d'autres anomalies toxiques telles que l'hypergranulation et les corps de döhle.

Les vacuoles peuvent également se former en tant qu'artefacts dans le matériel ancien en raison du contact avec l'EDTA, auquel cas les autres caractéristiques toxiques sont absentes et les vacuoles sont souvent petites et uniformément réparties.