Les vacuoles sont des cavités incolores en forme de vessie dans le cytoplasme. Les lymphocytes n'étant pas des cellules phagocytaires, la présence de vacuoles chez eux est moins régulière que chez les neutrophiles et les monocytes.

Lorsque presque tous les lymphocytes présentent des vacuoles, il peut s'agir d'un trouble métabolique ou de la maladie de Batten, mais ces deux cas sont assez rares. Parfois, les vacuoles dans les lymphocytes indiquent une maladie lymphoproliférative.