Las vacuolas son cavidades incoloras en forma de vejiga en el citoplasma. Los linfocitos no son células fagocíticas, por lo que encontrar vacuolas en ellos es menos regular que en los neutrófilos y monocitos.

Cuando casi todos los linfocitos muestran vacuolas, puede haber un trastorno metabólico o la enfermedad de Batten; sin embargo, ambos son bastante raros. A veces, las vacuolas en los linfocitos son indicativas de una enfermedad linfoproliferativa.